「候鸟e人」的故事主轴,围绕着一群关心候鸟生态的年轻人,描写一段从舄湖湿地展开的浪漫爱情,「候鸟e人」的情节就像不同季节候鸟的飞翔路径,从七股到关渡,从马祖无人小岛来到时尚现代的台北街头。小青、邵韩和湘子,三个频率接近,彼此互为同伴。却不得不在讲求唯一的爱情里,面对着得到与市区的角色。鸟人和黑琵在网路里相遇,也在现实生活里交会。邵韩和小青在到七股赏鸟的途中,两人因擦撞而结识。彼此剑拔弩张,邵韩的好友小汪同时也爱上了小青。等到两人终于在现实世界中相识,爱情与友情的取舍,该如何是好!而邵韩以为死去的初恋女友湘子,其实还在人世,过往的真情、愧疚与责任,新欢与旧爱之间的挣扎,更令他手足无措。至情至性的他,该如何抉择?偷偷爱着小汪的丁丁,痴痴守候着丁丁的小谢,又会发展出怎样的情节?
郭老师与劭韩等人见面相谈甚欢,但胃痛又犯,小青见状,将自己的保温瓶相赠,并提醒他随时服药注意身体,郭老师感到一股温暖,临别之际,获悉小青芳名,心中无比震撼。返途中,小青因没有找到父亲而神情黯然,劭韩予以安慰,并倾听小青吐露心事,劭韩越听越觉心痛,内心正感矛盾彷徨之际,丁丁一席话揭穿了劭韩“鸟人”身份。霎时,小青脸色巨变,泣不成声,而劭韩再也控制不住自己,紧紧抱住小青,两人的感情终于透明化。