「候鸟e人」的故事主轴,围绕着一群关心候鸟生态的年轻人,描写一段从舄湖湿地展开的浪漫爱情,「候鸟e人」的情节就像不同季节候鸟的飞翔路径,从七股到关渡,从马祖无人小岛来到时尚现代的台北街头。小青、邵韩和湘子,三个频率接近,彼此互为同伴。却不得不在讲求唯一的爱情里,面对着得到与市区的角色。鸟人和黑琵在网路里相遇,也在现实生活里交会。邵韩和小青在到七股赏鸟的途中,两人因擦撞而结识。彼此剑拔弩张,邵韩的好友小汪同时也爱上了小青。等到两人终于在现实世界中相识,爱情与友情的取舍,该如何是好!而邵韩以为死去的初恋女友湘子,其实还在人世,过往的真情、愧疚与责任,新欢与旧爱之间的挣扎,更令他手足无措。至情至性的他,该如何抉择?偷偷爱着小汪的丁丁,痴痴守候着丁丁的小谢,又会发展出怎样的情节?
小青在交通警察告知下才发现失去车牌,於是取出名片拨打电话准备向劭韩、小汪理论,未料名片竟是假货,气愤不已!小青将自己最近所拍的「黑面琵鹭」照片送往李镜白的电讯公司,却意外发现正要向电讯公司提案的劭韩及小汪等人身影,怒火顿生……… 丁丁是劭韩同父异母的妹妹,天生脚部缺陷不良於行,但她并未因此自暴自弃,反而快乐进取,她对小汪有股信赖的感情,却始终埋藏心中,某日,在pub里有人嘲笑丁丁,为此小汪怒揍对方,这一切丁丁看在眼里,感动在心里;劭韩知道妹妹内心的苦楚,带她前往森林公园散步、聊天,让一切烦恼暂时抛开…………